Ścieki z miejskiej sieci kanalizacji sanitarnej oraz dowożone z lokalnych szamb kierowane są na mechaniczno – biologiczną oczyszczalnie ścieków zlokalizowaną w Sulejówku przy ul. Poligonowej 1. Oczyszczalnie oddano do użytku w 1997r. (I etap) dla oczyszczania ścieków ok. 900 m3/d. Pracuje ona w oparciu o wielofunkcyjny reaktor biologiczny typu „Hydrocentrum”, w którym biologiczne oczyszczenie ścieków odbywa się w reaktorze osadu czynnego o działaniu semi-periodycznym.Obecnie na oczyszczalnie przyjmowane i oczyszczane jest średnio ok. 1300 m3/d ścieków (dopływających i dowożonych).
W roku 2006 oddana została do eksploatacji zmodernizowana (I etap) Miejska Oczyszczalnia ścieków, o przepustowości technologicznej (możliwościach oczyszczenia) do 1800 m3/d. (w tym 300 m3/d ścieków dowożonych) co powinno zapewnić oczyszczenie ścieków, do wymaganej przepisami prawa jakości, z całej aglomeracji Sulejówka tj. 18 tys. mieszkańców). Wykonany został nowy reaktor biologiczny, oraz nowy układ technologiczny (przyjmowanie ścieków dowożonych i dopływajšcych, oczyszczanie mechaniczne, odprowadzenie ścieków oczyszczonych, odprowadzenie, higienizacja osadów).
Podstawowy proces, biologicznego oczyszczania, prowadzony jest w cyrkulacyjnym reaktorze, wykorzystującym do oczyszczania osad czynny w postaci kłaczkowatej zawiesiny i biomasy osadzonej na zanurzonych złożach przepływowych. Przez reaktor ten (cyrkulacyjnš komorę osadu czynnego) przepływają ciągle ścieki i biologiczne procesy ich oczyszczania. Ilość cykli oczyszczania proporcjonalna jest do ilości (ładunku) dopływających ścieków.
Praca oczyszczalni jest monitorowana i zautomatyzowana, cały proces oczyszczania wizualizowany jest w sterowni.
W ramach realizacji I etapu modernizacji i rozbudowy Miejskiej Oczyszczalni cieków wymieniony został układ przyjmowania cieków dowożonych, rozbudowane zostały pomieszczenia obsługi, wyremontowane zostały istniejšce obiekty, place i ogrodzenie.
W przyszłości planuje się dalszą rozbudowę i modernizację oczyszczalni (II etap) umożliwiającą zwiększenie przepustowości oczyszczalni do Qdsr = 2950 m3/d.
Odbiornikiem oczyszczonych ścieków jest rzeka Długa.
MZWiK Sulejówek eksploatuje, na zlecenie Urzędu Miasta, przepompownie ścieków deszczowych (przy ul. Narutowicza).
